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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
31/08/2022 |
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Data da última atualização: |
17/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VIGNATO, B. S.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; MOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PETRINI, J.; GARCIA, I. S.; CLEMENTE, L. G.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
BÁRBARA SILVA VIGNATO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ALINE SILVA MELLO CESAR, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JULIANA AFONSO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; MIRELE DAIANA POLETI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; INGRID SOARES GARCIA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUAN GASPAR CLEMENTE, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO. |
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Título: |
Integrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 13, 935238, aug. 2022. |
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Páginas: |
15 p. |
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DOI: |
10.3389/fgene.2022.935238 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Understanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways. These results helped us to improve our knowledge about the genetic architecture behind important traits in cattle. MenosUnderstanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Backfat thickness; Carcass and meat quality; Expression quantitative trait loci; Intramuscular fat content; Nellore cattle; RNA Seq; SNP. |
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Thesaurus Nal: |
Nellore. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1145918/1/IntegrativeAnalysisGenome.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Territorial. |
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Data corrente: |
11/12/2014 |
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Data da última atualização: |
15/12/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
RONQUIM, C. C.; GUILARDI, V.; AGUIAR, D. A. DE; RUDORFF, B. F. T. |
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Afiliação: |
CARLOS CESAR RONQUIM, CNPM; VITOR GUILARDI, BOLSISTA CNPM; DANIEL ALVES DE AGUIAR, AGROSATÉLITE GEOTECNOLOGIA APLICADA; BERNARDO FRIEDERICH THEODOR RUDORFF, AGROSATÉLITE GEOTECNOLOGIA APLICADA. |
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Título: |
Uso de geotecnologias para avaliação da expansão das áreas de cana-de-açúcar em municípios de Mato Grosso do Sul. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE GEOTECNOLOGIAS NO PANTANAL, 5., 2014, Campo Grande, MS. Anais... São José dos Campos: INPE, 2014. p. 268-275. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Este estudo analisou a dinâmica de uso e cobertura da cana-de-açúcar em Mato Grosso do Sul (MS) e nos municípios de Rio Brilhante e Nova Alvorada do Sul, entre 2006 e 2013. A recente expansão das áreas de cana em MS foi correlacionada à de municípios canavieiros paulistas. Por meio da investigação das séries temporais de dados do sensor MODIS e da interpretação de imagens do sensor Thematic Mapper (TM), foram avaliadas as mudanças de uso e cobertura das terras. O mapeamento foi baseado em imagens dos sensores ETM+ do satélite Landsat 7 e TM do Landsat 5. A área de cana-de-açúcar em MS em 2006 era de 182.406 ha e passou a ser de 755.294 ha na safra de 2013/2014, um aumento de mais de 400% em sete anos. Em 2006, 5,6% da área de Rio Brilhante (22.206 ha) era ocupada com cana, enquanto Nova Alvorada do Sul apresentava 3,7% (14.978 ha). Atualmente as áreas de cana em Rio Brilhante (MS) e Nova Alvorada do sul (MS) representam em torno de 25% em cada município (96.570 ha e 84.600 ha respectivamente). Análises da dinâmica de uso e cobertura de municípios de MS correlacionada à dinâmica da cana-de-açúcar em municípios paulistas podem ser úteis por servirem de exemplo para apoiar as políticas públicas na reorganização espacial do MS, que apresenta elevada produção de alimentos e características territoriais muito específicas, como a frágil diversidade do Bioma Pantanal e uma delicada questão envolvendo a demarcação das terras indígenas. |
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Palavras-Chave: |
Mudança de uso e cobertura da terra; Nova Alvorada do Sul; Rio Brilhante. |
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Thesagro: |
Sensoriamento Remoto. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/113620/1/4231.pdf
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Marc: |
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520 $aEste estudo analisou a dinâmica de uso e cobertura da cana-de-açúcar em Mato Grosso do Sul (MS) e nos municípios de Rio Brilhante e Nova Alvorada do Sul, entre 2006 e 2013. A recente expansão das áreas de cana em MS foi correlacionada à de municípios canavieiros paulistas. Por meio da investigação das séries temporais de dados do sensor MODIS e da interpretação de imagens do sensor Thematic Mapper (TM), foram avaliadas as mudanças de uso e cobertura das terras. O mapeamento foi baseado em imagens dos sensores ETM+ do satélite Landsat 7 e TM do Landsat 5. A área de cana-de-açúcar em MS em 2006 era de 182.406 ha e passou a ser de 755.294 ha na safra de 2013/2014, um aumento de mais de 400% em sete anos. Em 2006, 5,6% da área de Rio Brilhante (22.206 ha) era ocupada com cana, enquanto Nova Alvorada do Sul apresentava 3,7% (14.978 ha). Atualmente as áreas de cana em Rio Brilhante (MS) e Nova Alvorada do sul (MS) representam em torno de 25% em cada município (96.570 ha e 84.600 ha respectivamente). Análises da dinâmica de uso e cobertura de municípios de MS correlacionada à dinâmica da cana-de-açúcar em municípios paulistas podem ser úteis por servirem de exemplo para apoiar as políticas públicas na reorganização espacial do MS, que apresenta elevada produção de alimentos e características territoriais muito específicas, como a frágil diversidade do Bioma Pantanal e uma delicada questão envolvendo a demarcação das terras indígenas.
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Registro original: |
Embrapa Territorial (CNPM) |
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